מאבק הפרדיגמות מציג פרשנות עקיבה להגות היהודית בימי הביניים על פי תפיסת המדע. הוא משתמש במושג "פרדיגמה" כדי לעקוב אחר ההתפתחות הרעיונית של ההגות היהודית בת הזמן. החיבור פורש לפני הקורא שלוש פרדיגמות: הכלאם, האריסטוטליות (עם או בלי לבושה הנאו-אפלטוני) והניסיוניות (הכוללת תופעות שלא היה להן הסבר בפרדיגמה הקודמת, כמו אסטרולוגיה, מאגיה ואלכימיה). הטענה המרכזית בספר היא שעד לשלהי המאה השתים-עשרה התעמתו שתי הפרדיגמות הראשונות, כלאם ואריסטוטליות, ולאחריה – שתי האחרונות, האריסטוטליות והניסיוניות. החיבור מאיר באור חדש את הגותם של רב סעדיה גאון, ר' יהודה הלוי, רמב"ם ואחרים.

הספר רַחַק וְקֵרוּב מציג רעיונות שהתרקמו בהגות היהודית באזורי הקיסרות הביזנטית בשלהי ימי הביניים. התסיסה הרעיונית באותה עת הניבה תפיסות שכלתניות חדשניות ולעתים גם ויכוחים חריפים בסוגיות שונות. נידונות בספר גישות בתורת האלוהות, הבריאה, הנפש, השכל והנבואה בהגותם של ר' שמריה האקריטי, ר' אלנתן קלקיש, ר' יהודה משקוני, ר' מרדכי כומטינו, ר' מיכאל בלבו והוגים אחרים. הספר בוחן את רישומי התופעות הביזנטיות הייחודיות, כמו התנועה ההייזיכסטית, בהגות היהודית. כמו כן מוצגות בו סוגות ספרותיות שפרחו באזור הביזנטי, כגון שירה ודרשנות. זרמים בהגות היהודית שעדיין לא נחקרו, ופולמוסים לוהטים בסוגיות רעיוניות מוארים בספר בהרחבה. המחבר בוחן במה הושפעו ההוגים היהודים הביזנטיים מן המערב ובמה הביעו את ייחודם, הן בתוכן הן בסגנון. התרבות הרומניוטית בימים שהמגורשים מספרד עדיין לא הציפו את רחבי האימפריה הביזנטית נחשפת בספר בהרחבה בפני הקוראים.