מאבק הפרדיגמות מציג פרשנות עקיבה להגות היהודית בימי הביניים על פי תפיסת המדע. הוא משתמש במושג "פרדיגמה" כדי לעקוב אחר ההתפתחות הרעיונית של ההגות היהודית בת הזמן. החיבור פורש לפני הקורא שלוש פרדיגמות: הכלאם, האריסטוטליות (עם או בלי לבושה הנאו-אפלטוני) והניסיוניות (הכוללת תופעות שלא היה להן הסבר בפרדיגמה הקודמת, כמו אסטרולוגיה, מאגיה ואלכימיה). הטענה המרכזית בספר היא שעד לשלהי המאה השתים-עשרה התעמתו שתי הפרדיגמות הראשונות, כלאם ואריסטוטליות, ולאחריה – שתי האחרונות, האריסטוטליות והניסיוניות. החיבור מאיר באור חדש את הגותם של רב סעדיה גאון, ר' יהודה הלוי, רמב"ם ואחרים.

"מלחמת ששת הימים והציונות הדתית" דן בתמורה הדרמטית שעברה הציונות הדתית בעקבות המלחמה. טענת הספר היא, כי המלחמה הביאה לידי הבשלה וגימור מגמה שסתרה את האתוסים והמיתוסים הבסיסיים של הציונות הדתית הקלאסית. מלחמת ששת הימים "חילצה" את הציונות הדתית מהסקטוריאליות ומהדימוי הירוד שאפיין אותה בעבר. המפגש רב העוצמה בין היסוד המשיחי לבין מנגנון הפיצוי על התדמית הירודה של הציוני הדתי התרחש במלחמת ששת הימים, והפך אותה לאירוע מכונן של התנועה הציונית הדתית. המלחמה שינתה את התודעה הדתית והפוליטית של הציונות הדתית, ותפיסת ההיסטוריה הראלית, שניווטה את דרכה של התנועה מראשיתה, קרסה, ואת מקומה תפסה "היסטוריה קדושה"; התפיסה החדשה של ההיסטוריה הפכה להיות הפרוגרמה של הפעילות הפוליטית הממשית. התמורה הקרינה גם על תפיסת המרחב הגופני ושיח המיניות שהתפתחו בקרב התנועה. ספר זה מציע תובנה חדשה למכלול התנהלותה הפוליטית, החברתית והדתית של הציונות הדתית, שהשלכותיה ניכרות בחברה הישראלית של היום.

הוגים קוראים עוסק בהתמודדות של הוגים יהודים עם מקורותיהם, לנוכח המתח המובנה בין פתיחות ושמרנות במחשבת המאה העשרים. הפתיחות נבעה מטבעו של עולם מודרני ופוסט מודרני; השמרנות נבעה מהמסורת היהודית . המשותף לזרמי ההגות בתקופה זו הוא ההתייחסות לטקסט כראי המסורת . בחינת ההתמודדות עם המסורת מגלה עובדה מפתיעה: המסורת, שמטבעה היא מגבילה ומגדירה, התגלתה ככוח הגותי, פרשני ותרבותי רב עצמה. פרקי חיבור זה דנים במשנתם של הרב אברהם יצחק הכהן קוק, מרטין בובר, אברהם יהושע השל, הרב יוסף דוב סולובייצ'יק, הרב אהרן ליכטנשטיין והפרופסור משה שוורץ. נוסף על כך הספר עוסק גם בתופעת הקהילות הקוראות. הוא דן בזיקתה של ההגות הציונית הדתית לדמויות פילוסופיות בימי הביניים ולטקסטים שהנחילו רמב"ם ורלב"ג.

הספר רַחַק וְקֵרוּב מציג רעיונות שהתרקמו בהגות היהודית באזורי הקיסרות הביזנטית בשלהי ימי הביניים. התסיסה הרעיונית באותה עת הניבה תפיסות שכלתניות חדשניות ולעתים גם ויכוחים חריפים בסוגיות שונות. נידונות בספר גישות בתורת האלוהות, הבריאה, הנפש, השכל והנבואה בהגותם של ר' שמריה האקריטי, ר' אלנתן קלקיש, ר' יהודה משקוני, ר' מרדכי כומטינו, ר' מיכאל בלבו והוגים אחרים. הספר בוחן את רישומי התופעות הביזנטיות הייחודיות, כמו התנועה ההייזיכסטית, בהגות היהודית. כמו כן מוצגות בו סוגות ספרותיות שפרחו באזור הביזנטי, כגון שירה ודרשנות. זרמים בהגות היהודית שעדיין לא נחקרו, ופולמוסים לוהטים בסוגיות רעיוניות מוארים בספר בהרחבה. המחבר בוחן במה הושפעו ההוגים היהודים הביזנטיים מן המערב ובמה הביעו את ייחודם, הן בתוכן הן בסגנון. התרבות הרומניוטית בימים שהמגורשים מספרד עדיין לא הציפו את רחבי האימפריה הביזנטית נחשפת בספר בהרחבה בפני הקוראים.