קובץ עגנון , כרך ב, כולל בתוכו מבחר עשיר ומגוון של טקסטים – חלקם משל עגנון, וחלקם על עגנון. כרך זה פותח בהדפסה חדשה ומאירת עיניים של הסיפור המוקדם בארה של מרים (1909), שהיה גנוז במשך עשרות שנים בגיליונות 'הפועל הצעיר'. לצד סיפור זה מופיעים פרקי המשך ל'ספר תכלית המעשים' – יצירה מאוחרת ובלתי גמורה של עגנון – שאותרו בעיזבונו של הסופר והועתקו מכתב-היד בידי אמונה ירון. ברכה פישלר מביאה את חלופת המכתבים המסועפת והמרתקת בין שמואל יוסף עגנון לבין הבלשן חנוך ילון, ואילו ראובן מירקין מציג את הנוסחאות השונות של כמה מסיפורי 'ספר המעשים' שהופיעו בראשית שנות השלושים ואשר שוכתבו בידי הסופר פעמים אחדות. החלק הפרשני של כרך זה כולל שתי עבודות מקיפות ומקוריות על האומן 'תמול שלשום' – פרי עטם של דן מירון ובעז ערפלי – וכן מובא בו מאמר של שמואל ורסס על הסיפור בשעה אחת, הנכלל בקובץ 'עיר ומלואה'. ביבליוגרפיה של פרסומי עגנון שהופיעו לאחר מותו (בעריכת חיים ירון) חותמת את הכרך. קובץ עגנון הוא במה קבועה המוקדשת לחקר יצירת עגנון ולפרסום חומר מעיזבונו.

בקובץ מבחר טקסטים, חלקם משל עגנון וחלקם על עגנון. מובאים בו שישה עשר פרקים מתוך הרומן 'שירה' שלא נכללו בנוסח הסופי של הספר ומכתבים ששיגר עגנון לידידו מרטין בובר - כולם נותרו בעיזבונו. כמו כן מובאים בו תשעה מאמרים המשקפים מגוון רחב של מתודות ודרכי התבוננות בעגנון וביצירתו: מאמר על הרומן 'שירה', דיון על מקורותיו ההיסטוריים של הרומן 'תמול שלשום', ניתוח מערכת היחסים בין עגנון לבובר, סקירה על תולדות יחסיו של עגנון עם בית הספר 'בצלאל', מאמר על עגנון והמחשב ועוד.