פרופסור שמואל ספראי פרסם במשך יותר מארבעים שנה מחקרים בתולדות ישראל בימי הבית ובתקופת התלמוד, בתולדות ארץ ישראל, בתולדות התרבות והחברה היהודית בארץ ובתפוצות וביחסים בין ארץ ישראל לבין התפוצות.
רוב המחקרים באסופה דנים בבעיות יסוד בתקופה מכרעת זו בתולדות ישראל: עבודת האלוהים במקדש, בית המקדש ובית הכנסת, העיר היהודית ומוסדותיה, העלייה לרגל בימי הבית ולאחר החורבן, התנועה החסידית בימי הבית ובימי התנאים והערכת מעשיו של רבן יוחנן בן זכאי. מחקרים אלה הם אבני בוחן בהבנת ההיסטוריה הישראלית בימי הבית, במשבר שעבר על עם ישראל עם חורבן המקדש וירושלים ובתנופת היצירה הרוחנית והחברתית בדור שלאחר מכן.